Função Poncho do R disponível no github

Atualizado: 27 de ago. de 2021

A função Poncho, usada para plotar dados da comunidade ao longo de gradientes ambientais, conforme demonstrado abaixo, agora está disponível no github.




Para usar a função, o usuário pode:

1) execute o seguinte comando em R:

source("https://raw.githubusercontent.com/csdambros/R-functions/master/poncho.R")

e, em seguida, use a função:

poncho (matrix)

onde matriz é uma matriz de presença / ausência ou abundância de espécies com espécies como colunas e locais como linhas.

2) Acesse https://raw.githubusercontent.com/csdambros/R-functions/master/poncho.R de um navegador da web

Clique com o botão direito no arquivo para salvar o script como "poncho.R"

Abra R na mesma pasta onde está o arquivo (ou mova o arquivo para a pasta do diretório de trabalho)

Crie o arquivo usando:

source("poncho.R")

e, em seguida, use a função:

poncho (matrix)

Where matrix is a matrix of species presence/absence or abundance with species as columns and sites as rows.

Onde matriz é uma matriz de presença / ausência ou abundância de espécies com espécies como colunas e locais como linhas.

Por padrão, a função não usa informações filogenéticas das espécies ou gradiente ambiental, no entanto, o usuário pode facilmente incorporar essas informações incluindo os argumentos env e phy:

poncho (matrix,env = env,phy = phy)

Onde env é um vetor com um valor para cada local (o comprimento deste vetor deve corresponder ao número de linhas na matriz) e phy é uma filogenia (os nomes das pontas devem corresponder ao nome das colunas na matriz; ou seja, todas as espécies nos dados deve estar na filogenia).

Um script que mostra como usar a função poncho para gerar uma figura semelhante à mostrada no topo desta página (com uma filogenia) está disponível em (comentários apenas em português):

https://github.com/csdambros/R-functions/blob/master/ponchoExamples.R

Como citar:

A função pode ser citada usando o Digital Object Identifier (DOI):

10.5281/zenodo.3784397

Dambros, C.S. (2020) csdambros/R-functions: First release. [https://github.com/csdambros/R-functions/tree/v1.0]

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